福建醫科大學是福建省重點建設高校之一，其前身是創辦于1937年的福建省立醫學專科學校。1939年改名為福建省立醫學院。1949年改稱福建醫學院。1969年，與福建中醫學院、華僑大學醫療系合并，成立福建醫科大學。1982年更名為福建醫學院。1996年4月更名為福建醫科大學，教育部“卓越醫生教育培養計劃”試點高校。

學校已形成學士?碩士?博士人才培養體系，成為一所集教學、科研、醫療、預防和社會服務為一體的省屬醫科大學。2003年，被福建省人民政府確定為重點建設高校。同年以良好的成績通過了教育部本科教學工作水評估。

截至9月，學校有上街、臺江2個校區，占地1500余畝，校舍建筑面積40多萬方米。有教職醫護員工9492人（含附屬醫院），在校生23500多人，其中全日制的本科生13000多人、博士研究生240多人、碩士研究生2100多人。