南京農業大學開設的專業有日語、電子信息科學與技術、物流工程、農業電氣化、生物科學、動物醫學、農林經濟管理、設施農業科學與工程、統計學等，具體完整專業請看下表。

南京農業大學專業一覽表

南京農業大學重點專業名單

1、國家級專業：生物科學、農業機械化及其自動化、食品科學與工程、園藝、農業資源與環境、土地資源管理、動物科學、植物保護、農學、動物醫學、農林經濟管理。

2、一級學科國家重點學科：作物學、植物保護、農業資源利用、獸醫學。

3、二級學科國家重點學科：蔬菜學、農業經濟管理、土地資源管理。

4、國家重點（培育）學科：食品科學。

5、十二五期間一級學科省重點學科：科學技術史、畜牧學、公共管理、生態學、草學。

6、二級學科省重點學科：植物學、微生物學、科學技術史、食品科學、果樹學、植物營養學、動物營養與飼料科學、基礎獸醫學、臨床獸醫學、土地資源與管理、生物信息學、農村發展、植物檢疫與生物安全、農業信息學。