學校初名北洋醫學堂，1894年創辦于天津，是中國代第一所官辦西醫院校。1913年改稱直隸公立醫學專門學校，1915年由天津遷至保定，1921年與他校合并，稱河北大學醫科；1932年河北大學解散，醫科獨立建校，改稱河北省立醫學院，1937年學校停辦，1946年河北省立醫學院于保定復校，1947年遷回天津；1949年改稱河北醫學院，1952年再遷保定，1958年遷至石家莊。1970年天津中醫學院并入河北醫學院，改稱河北新醫大學；1979年恢復河北醫學院校名；1995年，由河北醫學院、河北中醫學院、石家莊醫學高等專科學校合并組建河北醫科大學；2009年原石家莊衛生學校并入，2013年河北中醫學院恢復獨立建制，學校沿用河北醫科大學校名。