南京醫科大學是江蘇省屬重點高校。學校創建于1934年，時名江蘇省立醫政學院，是國內最早開展研究生教育的高等學府之一。1957年，更名為南京醫學院。1962年，被列為全國首批六年制醫藥院校。1981年，被批準為全國首批博士、碩士學位授予單位。1993年，更名為南京醫科大學。

學校現有碩士學位授權點55個，博士學位授權點35個，博士后科研流動站3個，學位授權點已覆蓋醫學、理學、工學、管理學、法學、教育學和文學等7個學科門類，擁有3個國家重點學科、1個國家重點培育學科、4個江蘇省一級學科重點學科、12個省級重點學科。

目前，學校設有基礎醫學院、公共衛生學院、第一臨床醫學院、第二臨床醫學院、第三臨床醫學院、第四臨床醫學院、鼓樓臨床醫學院、無錫臨床醫學院、青島臨床醫學院、口腔醫學院、藥學院、護理學院、醫政學院、外國語學院、國際教育學院、繼續教育學院和高等職業技術學院等16個學院和１個獨立學院??康達學院。在南京、蘇州、無錫、常州、淮安、上海、杭州等地擁有20所附屬醫院和40多所教學醫院。

學校設有12個本科專業、2個六年制雙學位專業和３個七年制專業(方向)。目前，在校生總數達1.3萬多人，已形成從本科生到碩士生、博士生及博士后，從全日制到成人教育、留學生教育全方位、多層次的辦學格局和教育體系。

學校現有在職教職工1500多人。有在職專任教師649人，有教授116人、副教授175人，有博士生導師185人、碩士生導師812人（含附屬醫院等）。學校擁有一批優秀的中青年骨干教師入選各類人才支持計劃，有多人被評為國家教學名師或各級優秀教師，有“國家級教學團隊”1個，教育部“創新團隊”1個。學校是國家衛生部認可的全國進修基地和教育部批準接受留學生學習的高校之一，與南京大學、東南大學、南京農業大學一起成為江蘇省高層次人才培養計劃??“333工程”培訓基地。2006年和2008年，學校兩度被評為“江蘇省師資隊伍建設先進高校”。