中國高等航海教育發軔于上海，1909年晚清郵傳部上海高等實業學堂（南洋公學）船政科開創了我國高等航海教育的先河。1912年成立吳淞商船學校，1933年更名為吳淞商船專科學校。1959年交通部在滬組建上海海運學院。2004年經教育部批準更名為上海海事大學。為更好地服務上海國際航運中心建設和國家航運事業發展，根據上海市高校布局結構調整規劃，2008年上海海事大學主體搬遷臨港新城。2009年學校舉行百年校慶系列活動。

上海海事大學是一所以航運、物流、海洋為，具有工學、管理學、經濟學、法學、文學、理學和藝術學等學科門類的多科性大學。2008年，上海市人民政府與交通運輸部簽訂協議，共建上海海事大學。

學校設有2個博士后科研流動站（交通運輸工程、電氣工程），4個一級學科博士點（交通運輸工程、管理科學工程、船舶與海洋工程、電氣工程），23個二級學科博士點，16個一級學科碩士學位授權點，60個二級學科碩士學位授權點，8個專業學位授權類別（其中工程碩士包含10個授權領域），48個本科專業。擁有12個省部級重點研究基地。現有1個國家重點（培育）學科，1個上海市高峰學科，2個上海市高原學科，9個部市級重點學科，工程學科進入ESI全球前1%,港航物流學科保持全球領先。5個國家級專業，1個國家級綜合改革試點專業，6個教育部卓越工程師教育培養計劃專業，17個上海市本科教育高地。現有2個國家級實驗教學示范中心，2個國家級虛擬仿真實驗教學示范中心，5個國家級實踐教學示范中心，1個全國示范性工程專業學位研究生聯合培養基地。設有水上訓練中心，擁有萬噸級集裝箱教學實船“育鋒”輪，4.8萬噸散貨教學實船“育明”輪。

在2004年教育部本科教學工作水評估和2006年教育部英語專業教學評估中獲得優秀。2018年，年度科技總經費達到3.7億元，獲一批國家級科研項目及部市級以上科技進步獎。

實行校院二級管理體制，現設有商船學院、交通運輸學院、經濟管理學院（設亞洲郵輪學院）、物流工程學院（設中荷機電工程學院）、法學院、信息工程學院、外國語學院、海洋科學與工程學院、文理學院（設馬克思主義學院）、徐悲鴻藝術學院、物流科學與工程研究院、上海高級國際航運學院等二級辦學部門。在24000余名學生中，有本科生16500余人，各類在校研究生5000人，留學生700名。在1200余名專任教師中，有教授160余名，具有博士學位的教師比例約63%。學校致力于培養國家航運業所需要的各級各類專門人才，已向全國港航企事業單位及政府部門輸送了畢業生逾16萬，被譽為“高級航運人才的搖籃”。